一、实验原理

Southern blot又称凝胶电泳压印杂交技术,该方法利用硝酸纤维膜或滤纸或尼龙膜等具有吸附DNA的功能,先将DNA片段作凝胶电泳,并将电泳后的DNA区带吸附到膜上,然后直接在膜上进行同位素标记探针与被测DNA之间的杂交,最后通过放射自显影对杂交结果进行检测,以此探测一个DNA样品中含有的特定DNA序列。

二、应用简介

技术应用

1、定性及定量分析基因组中特定基因；

2、基因突变分析及限制性片段长度多态性分析。

应用范围

1.遗传病诊断：传统的基因诊断技术主要是以基因探针技术为基础而建立的一些检测方法-Southern blot。

2.DNA图谱分析：a.高度的特异性；b.稳定的遗传性；c.体细胞稳定性

3.检测样品中的DNA及其含量

4.PCR产物分析

三、 实验方法

四、样本送检要求 

五、案例展示

六、常见问题

1、核酸质量对southern杂交实验的影响

答：核酸质量对实验的影响是直接的，既要求客户提供的总量足够——实验消耗（上样量），又要求保证质量——按要求准备材料。
    DNA样品一般对OD值和浓度有如下要求：OD260/280=1.8～2.0，OD260/230＞2.0，浓度≥100 ng/ul。同时，需要对DNA样品进行琼脂糖凝胶电泳，电泳结果显示该DNA样品无蛋白质和RNA等物质污染，无降解弥散，条带清晰。

2、探针设计是怎么回事，有哪些原则？

答：探针就是与待测目的基因序列同源的一段地高辛标记的DNA序列，可以和酶切后的基因组片段特异性的结合。 探针设计有如下几个原则:

(1)、长度适中。探针的片段长度一般控制在300-1000bp，探针太长时会导致非特异性结合的概率增加，探针太短时，探针结合的地高辛标记物太少，会导致发光信号减弱。

(2)、特异性强。最佳的探针序列是仅与目的基因同源，与整个基因组序列的同源片段低于30%。

(3)、ATGC含量均匀，无发卡结构和高度重复序列。

3、基因组片段化时使用限制性内切酶是怎么选择的？

答：(1)、目的基因序列中不能含有该位点

(2)、常用的内切酶，价格优惠、酶切效率高 

(3)、预实验可以把基因组片段化，电泳检测弥散状态看不到明显的主带。

(4)、根据转化载体上的酶切位点选择

4、如何减少非特异的曝光条带？

我们采用PCR法合成双链的地高辛标记的探针，电泳检测探针是否标记成功，若条带单一，且略大于对照组，则认为探针合成成功（如图3所示）。
   此外，和合成探针前，需要在NCBI上比对探针序列，若没有在待测物种中Blast到高同源性的序列，则认为该探针是特异的。6、检测结果阴性有哪些因素造成的？

答：在southern杂交服务中，大概总结为一下几类原因：

(1)、基因组中目的基因丰度很低，低于southern blot杂交实验的检测下限（目的基因的量低于0.1pg）

(2)、在该物种基因组信息不全的状态下，探针序列特异性很难保证，结果出现大量的非特异性条带。

(3)、基因组质量达不到要求 

(4)、待测样品的确为阴性

(5)、酶切方案的影响

七、服务流程